Если настройки не сохраняются при перезапуске - скорее всего не установлено автоматическое сохранение настроек. Вызываем меню по F9, затем заходим в System settings и далее выбираем опцию: Auto save setup.

Тема меняется из меню Options → Colors.

Часть стандартных цветов наследуется из настроек и цветовой схемы Windows Terminal (если в качестве оболочки мы используем его).

Неплохое сочетание без вырвиглазных цветов:

Цветовая схема Far Manager: black_from_july
Цветовая схема Windows Terminal: Dark+

Выглядит так:

Добавляем в переменную PATH

Далее в терминале:

far.exe

Настроить показ дисковых лейблов: из меню, которое вызывается по ALT + F1 и ALT + 2 нажимаем CTRL + 3 до тех пор, пока степень детализации нас не устроит. Пример.