Если настройки не сохраняются при перезапуске - скорее всего не установлено автоматическое сохранение настроек. Вызываем меню по F9, затем заходим в System settings и далее выбираем опцию: Auto save setup.

Тема меняется из меню Options → Colors.

Часть стандартных цветов наследуется из настроек и цветовой схемы Windows Terminal (если в качестве оболочки мы используем его).