После отключения по умолчанию — ящик хранится 30 дней, но место на диске автоматически не возвращается.

Проверить аткуальный срок хранения можно следующим образом:

Get-MailboxDatabase | Format-Table Name, MailboxRetention

После очистки Exchange может повторно использовать освободившееся пространство для новых данных. Сам файл .edb при этом не уменьшается, и свободное место в Windows не увеличивается. Для возврата места файловой системе нужны отдельные действия: перенос ящиков в новую базу с последующим удалением старой либо автономная дефрагментация eseutil /d, требующая отключения базы.

Посмотреть отключенные ящики конкретной базы:

Get-MailboxStatistics -Database "DB01" |
    Where-Object {$null -ne $_.DisconnectReason} |
    Format-Table DisplayName, DisconnectReason, DisconnectDate

Если ждать нельзя, можно воспользоваться командлетом для принудительного немедленного удаления:

Remove-StoreMailbox