Добавить сертификат корневого ЦС в доверенные можно следующим образом.

1. Копируем сертификат в диреторию

cp Internal-Root-CA.crt /etc/pki/ca-trust/source/anchors/

2. Делаем обновление доверительных отношений с учётом нового сертификата:

update-ca-trust

Проверить доверие к новому сертификату, подключившись к какому-либо хосту на котором он используется можно так:

curl -Iv https://host.domain.ru/am/idp/connect/token